Севастопольские ученые принимают участие в деятельности Крымской академии наук с момента её основания, но первоначально – в составе отделений естественных наук, мореведения, техники и современных технологий, экономических наук и др. Как самостоятельное подразделение Академии Севастопольское отделение оформилось в конце 90-х годов.
Наиболее активное участие в работе Академии в начальный период принимали: Маньковский Вячеслав Андреевич, доктор технических наук, профессор, первый руководитель отделения, зав. кафедрой Севастопольского Национального университета ядерной энергии и промышленности (СНУЯЭиП), проректор по научной работе Украинского морского института, председатель спецсовета по защите кандидатских и докторских диссертаций в СНУЯЭиП, председатель экспертного совета Южного института интеллектуальной собственности, координатор научно-технических разработок Севастопольского региона; Гаевская Альбина Витольдовна, доктор биологических наук, профессор, лауреат государственной премии Украины (2007), академик Нью-Йоркской Академии наук); Сухов Андрей Константинович, октор технических наук, профессор, многие годы работающий над проблемой рациональной утилизации отходов атомных и тепловых электростанций; Железняк Вадим Георгиевич, доктор технических наук, профессор, работавший директором Севастопольского филиала Европейского университета; Киселёв Алексей Александрович, кандидат технических наук, доцент, капитан 1 ранга в отставке, занимавшийся вопросами информатики, теории информации, систем управления, распознавания в радиолокации и др.; Баранник Владимир Васильевич, директор Севастопольского филиала ОАО «Югцемент», директор регионального отделения немецко-украинской фирмы «Дикергоф».