4 июня 1993 г. состоялось историческое собрание ученых ЮгНИРО по созданию первичной организации Крымской академии наук. Согласно принятому постановлению, в состав первичной организации КАН вошли сотрудники ЮгНИРО: Яковлев В. Н., Серобаба И. И., Спиридонов В. Л., Бибик В. А., Солодовников А. А., Дубинец Г. А., Зайцев А. К., Савич М. С., Мельников Ю. С., Коркош В. В., Танкевич П. Б., Фурса Т. И., Христоферзен Г. С., Губанова А. Г., Вижевский В. И., Куликова Н. И.
Председателем первичной организации избран Яковлев В. Н., д. г. н., ученым секретарем – Солодовников А. А. Так было сформировано ядро будущего отделения мореведения КАН, в которое решением Президиума КАН в марте 1994 г. преобразована первичная организация ЮгНИРО.
Возглавил отделение В. Н. Яковлев, д. г. н, член Президиума КАН. В марте 1996 года у него эстафету принял В. Е. Заика, действительный член КАК, член-корреспондент НАН Украины. С 2005 года отделение возглавляла А. В. Гаевская, д. б. н., далее действительный член КАН - Б. Н. Панов, с 2023г. Логунова Н.А., д-р экон. наук, член Президиума КАН.

Водные ресурсы Крыма являются одним из его главных достояний и источником решения основных проблем республики (продовольствие, здоровье, энергия), которые в общей концепции устойчивого развития региона представляются приоритетными среди проблем антикризисного характера. В схему первоочередного решения этих проблем концептуально вписывается проблема рационального использования водных (как морских, так и пресноводных) живых ресурсов Крыма, тесно связанная с состоянием рыбохозяйственного комплекса.