Членами отделения было организовано большое количество международных, общегосударственных и региональных конференций, семинаров и симпозиумов. Научно-практическая конференция «Биоразнообразие и устойчивое развитие», Международная научно-практическая конференция «Заповедники Крыма. Биоразнообразие и охрана природы в Азово-Черноморском регионе», и др.

Члены отделения участвовали в разработке «Концепции устойчивого развития Крыма», «Устойчивого развития Феодосийского региона», концепции создания Национального парка в Крыму.

Учеными были выполнены ряд независимых экологических экспертиз по объектам небезопасного строительства:
– транспортно-промышленного комплекса «Донузлав»;
– угольного терминала в Доковой бухте г. Севастополя;
– карьера по добыче известняка на Северо-Баксанском месторождении в Белогорском районе;
– 4-х карьеров по добыче известняка для производства щебня в долине реки Западный Булганак и др.
Как раньше, так и в последние годы Крымская академия наук совместно с Крымской ассоциацией «Экология и мир» и другими организациями ведет последовательную работу по сохранению биологического и ландшафтного разнообразия полуострова. В качестве примера можно назвать Экспертное заключение о проекте разработки месторождения строительных материалов в окрестности сел Кольчугино – Пожарское, которая способствовала прекращению работ на объекте.
В этой работе академия в целом и ее отделение сотрудничают с республиканскими и местными органами государственной власти и, как правило, находят пути экологически безопасного решения проблем.
В связи с активным развитием Крымского региона, ростом антропогенной нагрузки на ограниченную в географическом отношении территорию, его рекреационным потенциалом и геополитическим значением в последние годы возрастает актуальность научного обоснования управленческих решений по хозяйственному развитию региона. Современным аналитическим инструментом для этого является оценка экологического риска здоровью как индикатора состояния среды и фактора, сигнализирующего о необходимости ограничения техногенной нагрузки на экосистемы. В связи с этим важнейшим направлением деятельности отделения экологии и рекреации в ближайшем и отдаленном будущем станет организационное объединение исследований в различных предметных областях науки и практики, что позволит формулировать рекомендации по оптимальному развитию региона органам власти. В частности, для такой важной составляющей Крымского полуострова как водные ресурсы сформулированы, одобрены Федеральным Агентством по водным ресурсам Министерства природы Российской Федерации и планируются к реализации перспективные подходы к системному анализу антропогенной нагрузки на водные экосистемы и здоровье человека в Крыму. Это позволит дать научное обоснование решений по управлению водными ресурсами, базирующееся на комплексной интегральной оценке их состояния с биологической, гидрохимической и медико-социальной позиций с использованием международного опыта. В последующем такой подход может быть развит для всей территории Крымского полуострова.