Отделение обеспечивает координацию деятельности научных, промышленных добывающих и общественных организаций в области исследований и рационального использования водных биоресурсов и других видов моредеятельности на прилегающих к Крымскому побережью морских акваториях. Основная цель деятельности - определение приоритетных направлений фундаментальных и прикладных исследований, подготовка экспертных заключений и выводов по развитию мореведческих направлений и рыбного хозяйства в Крыму, координация и реализация результатов исследований по этим направлениям.
Успешно развивается медико-рекреационное направление. Разработаны рецептуры, прошли проверку и нашли успешное применение специальные продукты питания функционального назначения - биологически активные препараты и диетические добавки природного происхождения из гидробионтов и растительного сырья, содержащие биологически активные вещества и обладающие определенными регулирующим воздействием на организм человека. Руководитель отделения Логунова Наталья Анатольевна.